Obowiązkowy Krajowy System e-Faktur wszedł w życie etapowo: od 1 lutego 2026 roku dla największych podmiotów (sprzedaż powyżej 200 mln zł brutto w 2024 r.), a od 1 kwietnia 2026 roku dla wszystkich pozostałych przedsiębiorców. Wydawało się, że część podatników — zwłaszcza korzystających ze zwolnienia z VAT — zdoła uniknąć nowego systemu, dokumentując sprzedaż rachunkami zamiast fakturami. Ministerstwo Finansów rozwiało te nadzieje w sposób nie pozostawiający wątpliwości.
Kto obowiązkowo wystawia faktury w KSeF?
Zgodnie z art. 106ga ustawy o podatku od towarów i usług, obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych za pośrednictwem KSeF dotyczy co do zasady wszystkich podatników VAT — zarówno czynnych, jak i zwolnionych — o ile dokonują transakcji z innymi podatnikami lub osobami prawnymi (relacja B2B i B2G).
Wyjątki od tej zasady są precyzyjnie określone w ustawie oraz w rozporządzeniu Ministra Finansów i Gospodarki z 7 grudnia 2025 r. Z obowiązku wystawiania faktur w KSeF wyłączeni są m.in.:
- podatnicy nieposiadający siedziby ani stałego miejsca prowadzenia działalności na terytorium Polski,
- podatnicy posiadający stałe miejsce w Polsce, lecz nieangażujące się w daną transakcję,
- podmioty korzystające z procedur szczególnych OSS lub IOSS (sprzedaż e-commerce do konsumentów w UE),
- sprzedawcy dokumentujący transakcje na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności — faktury konsumenckie B2C nie są objęte obowiązkowym KSeF.
Kluczowe stanowisko Ministerstwa Finansów: rachunek nie zastąpi faktury
Szczególne zainteresowanie wzbudziło pytanie, jak z KSeF powinni postępować podatnicy zwolnieni z VAT — zarówno podmiotowo (obroty do 200 000 zł rocznie), jak i przedmiotowo (świadczący usługi medyczne, finansowe, kulturalne itp.). Podatnicy ci nie mają co do zasady obowiązku wystawiania faktur — mogą dokumentować sprzedaż rachunkami. Stąd pojawiły się nadzieje, że wystawiając rachunki zamiast faktur, pozostaną poza systemem KSeF.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 27 października 2025 r. (nr 0112-KDIL1-3.4012.657.2025.2.MR) potwierdził początkowo, że podatnik zwolniony z VAT może wystawiać rachunki, a rachunki nie są wprowadzane do KSeF. To stanowisko wywołało falę podobnych pytań i wniosków o interpretacje.
Ministerstwo Finansów w objaśnieniach podatkowych z 28 stycznia 2026 r. zajęło jednak odmienne i jednoznaczne stanowisko. Wyraźnie wskazało, że:
- podatnicy zwolnieni z VAT pozostają w reżimie ustawy o VAT,
- ustawa o VAT przewiduje fakturę jako podstawowy i właściwy dokument do dokumentowania transakcji,
- rachunek nie jest dokumentem równoważnym fakturze i jego wystawienie nie eliminuje obowiązków wynikających z przepisów VAT,
- wybór rachunku zamiast faktury ma charakter pozorny — ustawa zawsze przyznaje pierwszeństwo fakturze.
Stanowisko MF zostało następnie potwierdzone w praktyce interpretacyjnej. Dyrektor KIS w interpretacji z 12 marca 2026 r. odszedł od poprzedniego stanowiska i wskazał, że rachunek nie może służyć jako substytut faktury ustrukturyzowanej. W konsekwencji podatnicy zwolnieni z VAT, którzy dokumentują sprzedaż na rzecz innych podatników, są obowiązani wystawiać faktury — a więc i faktury ustrukturyzowane w KSeF.
Ulga dla najmniejszych podatników — limit 10 000 zł
Ustawodawca przewidział szczególne rozwiązanie przejściowe dla najmniejszych podmiotów. Do końca 2026 roku z wystawiania faktur w KSeF zwolnieni są podatnicy, u których łączna wartość sprzedaży udokumentowanej fakturami nie przekracza w danym miesiącu 10 000 zł brutto. Tacy przedsiębiorcy mogą nadal wystawiać faktury papierowe lub elektroniczne (poza KSeF) aż do 31 grudnia 2026 r., a obowiązek korzystania z systemu powstanie dla nich dopiero od 1 stycznia 2027 r.
Należy jednak pamiętać o kilku istotnych zasadach dotyczących tego limitu:
- Do limitu nie wlicza się faktur wystawionych przy kasie rejestrującej, paragonów z NIP do 450 zł oraz faktur konsumenckich (B2C).
- Przekroczenie limitu — choćby o złotówkę — powoduje, że faktura, którą go przekroczono, musi być wystawiona w KSeF, podobnie jak wszystkie kolejne faktury.
- Po przekroczeniu limitu nie ma powrotu do wystawiania faktur poza systemem, nawet jeśli w kolejnych miesiącach wartość sprzedaży znów spadnie poniżej 10 000 zł.
Ważne: obowiązek odbioru faktur już od 1 lutego 2026 r.
Odroczenie dotyczy wyłącznie wystawiania faktur przez najmniejszych przedsiębiorców. Obowiązek odbioru faktur ustrukturyzowanych przez KSeF wszedł w życie dla wszystkich podatników już od 1 lutego 2026 roku. Oznacza to, że nawet przedsiębiorca korzystający z odroczenia musi być technicznie i organizacyjnie gotowy do odbierania faktur od swoich kontrahentów za pośrednictwem systemu.
Brak sankcji w 2026 roku
Ministerstwo Finansów potwierdziło, że w całym 2026 roku nie będą nakładane kary pieniężne za nieprzestrzeganie obowiązków związanych z wystawianiem faktur w KSeF. Przepisy dotyczące sankcji (art. 106ni ustawy o VAT) wchodzą w życie dopiero 1 stycznia 2027 r. Podkreślenia wymaga jednak, że faktura, która zgodnie z przepisami powinna być wystawiona w KSeF, a powstała poza nim, nie wywołuje skutków podatkowych — w świetle prawa nie jest traktowana jako prawidłowa faktura VAT.
Podsumowanie
Najnowsze stanowisko Ministerstwa Finansów zamknęło furtkę, którą liczni podatnicy zwolnieni z VAT próbowali wykorzystać, by pozostać poza systemem KSeF. Niezależnie od statusu VAT, każdy podatnik dokumentujący transakcje z innymi podmiotami w obrocie B2B powinien liczyć się z obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych. Wyjątki są wąskie i ściśle określone w przepisach.
Mają Państwo wątpliwości, czy Wasza firma podlega obowiązkowemu KSeF, albo potrzebujecie wsparcia przy wdrożeniu systemu? Zapraszamy do kontaktu z naszym biurem rachunkowym — pomożemy ocenić sytuację i sprawnie przeprowadzić przez zmiany.